В 10-ю годовщину большого пожара в городе Фуюки юная волшебница Рин Тосака выполняет магический ритуал и призывает Арчера, великого героя из прошлого, ставшего ее слугой. Вскоре Арчер сражается с Лансером, другим слугой неизвестного мага. Свидетелем битвы становится Эмия Широ, обычный японский школьник. Когда он пытается убежать, Лансер находит его и нападает. Широ случайно вызывает Сэйбер, сильнейшего слугу, которая отгоняет Лансера. Позже священник по имени Котомине Кирей рассказывает Широ о Войне Святого Грааля, в которой сильнейшие маги эпохи сражаются за возможность призвать Грааль и исполнить любое свое желание…
После смерти приемного отца юный Сиро Эмия жил-поживал в одиночестве в огромном поместье. Вырос 16-летний парень добрым, работящим и хозяйственным, потому был окружен заботой и вниманием сразу двух девушек — школьной подруги Сакуры Мато и учительницы Таиги Фудзимуры, формально — опекуна, на деле — скорее старшей сестры. Все рухнуло, когда Сиро узнал, что родной город Фуюки — арена магической битвы за Святой Грааль, которая повторяется раз в несколько поколений. Вот только мир ускоряется, в итоге с последней войны прошло всего 10 лет — и уже пришла пора новой.